« Viva il Cile! Viva il popolo! Viva i lavoratori! Queste sono le mie ultime parole e ho la certezza che il mio sacrificio non sarà vano. Ho la certezza che, per lo meno, ci sarà una lezione morale che castigherà la vigliaccheria, la codardia e il tradimento. »
(Estratto dall'ultimo discorso radiofonico di Salvador Allende, poche ore prima della sua morte, l'11 settembre 1973 )
Nel settembre del 1973, i continui scioperi, l'altissimo tasso di inflazione e la mancanza di materie prime avevano precipitato il paese nel caos.
L'11 settembre di quell'anno, le forze armate cilene guidate dal Generale Augusto Pinochet, misero in atto il golpe cileno del 1973 contro Allende. Durante l'assedio e la successiva presa del Palacio de La Moneda, Allende decise allora di uccidersi piuttosto che arrendersi a Pinochet.
Tuttavia non sono del tutto chiare le circostanze della sua morte: la versione ufficiale, confermata dal suo medico personale è che il Presidente si tolse la vita con un fucile AK-47 donatogli da Fidel Castro, mentre altri sostengono che fu ucciso dai golpisti di Pinochet mentre difendeva il palazzo presidenziale.
Negli anni Ottanta il suo medico personale diede in un'intervista (trasmessa dalla trasmissione televisiva Mixer di Giovanni Minoli) una versione dettagliata dell'accaduto. Secondo il racconto del medico, che era insieme con Allende all'interno della Moneda, a seguito del bombardamento aereo e del successivo incendio, Allende disse a coloro che con lui difendevano la Moneda dalle finestre del primo piano di uscire dal Palazzo ormai indifendibile rimanendo solo nell'ufficio. Il medico rientrò poco dopo nell'ufficio, proprio nel momento in cui Allende si stava uccidendo con una scarica di mitragliatore alla testa dal basso in alto. In particolare il medico disse di aver visto la parte superiore della calotta cranica di Allende volar via per effetto della scarica.
In seguito al colpo di stato, in Italia ci furono molti scioperi in solidarietà con Allende e il popolo cileno. Italia e Svezia non riconobbero mai il regime di Pinochet, e per tutti i 17 anni di dittatura ufficialmente rimasero in carica gli ambasciatori accreditati da Salvador Allende.
Il colpo di Stato, che molti cileni speravano proteggesse la costituzione, ora si manifestava in tutto il suo orrore. Pinochet avrebbe di fatto regnato, non democraticamente eletto, per i successivi diciassette anni. La violazione dei diritti umani da parte del suo governo è stata, così come testimoniano precise prove documentali, sistematica prassi quotidiana, e alla fine del lungo periodo di dittatura si stimarono più di 3000 vittime (anche non cilene), fra morti e desaparecidos e circa 30.000 persone torturate (le cifre sono tratte dal Rapporto Rettig, un'inchiesta ufficiale condotta in Cile dopo la fine della dittatura di Pinochet, nel 1990).
Documenti ora declassificati indicano altresì come la CIA, il servizio di controspionaggio degli Stati Uniti d'America sia stato "longa manus" del governo di quest'ultimo Paese, appoggiando il rovesciamento con la forza di Allende, e ha incoraggiato e alimentato l'uso della tortura da parte del dittatore Pinochet.
Allende vive en la memoria: